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Le Comité permanent R exerce son contrôle en menant des enquêtes soit d’initiative, soit à la demande de la Chambre des Représentants, du Sénat, du ministre compétent ou de l'autorité compétente. Le Comité peut aussi ouvrir une enquête sur plainte ou dénonciation d'un citoyen ou d'un fonctionnaire.
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Le Comité est chargé du contrôle a posteriori des méthodes spécifiques et exceptionnelles de recueil de données par les services de renseignement et de sécurité. Le Comité agit ici en tant qu’organe juridictionnel.
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Le Comité a le pouvoir de mettre fin à certaines méthodes ordinaires que les services de renseignement et de sécurité ont la possibilité d’employer.
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Le Comité donne un avis écrit aux autorités judiciaires sur la légitimité de la manière dont les données ont été recueillies par les services de renseignement et de sécurité qui ont été versées dans un dossier pénal.
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Une autre mission du Comité est de répondre aux demandes d’avis de la Chambre des Représentants, du Sénat ou d’un ministre compétent sur tout projet de loi, d'arrêté royal, de circulaire ou sur tout autre document qui exprime les orientations politiques d’un ministre compétent concernant le fonctionnement des services de renseignement ou de l'Organe de coordination pour l'analyse de la menace.
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Le service de renseignement militaire peut intercepter, écouter et enregistrer des communications émises ou reçues à l'étranger. Le service peut également effectuer des prises d’images et procéder à des intrusions dans des systèmes IT à l’étranger. Le Comité est chargé d’en effectuer le contrôle.
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Le Comité peut être chargé de mener des enquêtes dans le cadre d'une enquête parlementaire.
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Le Comité assure la présidence et le greffe de l'Organe de recours en matière d'habilitations, d'attestations et d'avis de sécurité.
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Le Comité exerce, conjointement avec l’Organe de contrôle de l’information policière (C.O.C.), le contrôle des banques de données communes qui ont été créées dans le contexte de la lutte contre le terrorisme (terrorist fighters et ‘propagandistes de haine’). Les deux instances rendent également des avis communs dans le cadre de la création, de la modification et de l’implémentation de telles banques de données.
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Le Service d'Enquêtes du Comité a également une compétence judiciaire : il peut être chargé par les autorités judiciaires de mener des enquêtes sur les crimes et délits dont sont soupçonnés des membres des services contrôlés.
- Le Comité est désigné comme Autorité de contrôle compétente. En cette qualité, il s’assure du respect des règles en matière de protection de la vie privée auprès de toute une série de services et de personnes qui traitent ces données dans le cadre de la ‘sécurité nationale’.