Le Comité permanent R et son Service d'enquêtes disposent de nombreuses compétences. Ainsi, les services de renseignement, l'Organe de coordination pour l'analyse de la menace et les services d'appui doivent notamment, d’initiative, lui transmettre tous les documents réglant le comportement des membres de ces services. Le Comité peut se faire communiquer tout autre texte qu’il estime nécessaire à sa mission alors même que la plupart des documents des services de renseignement sont classifiés conformément à la loi du 11 décembre 1998 [pdf] relative à la classification et aux habilitations, attestations et avis de sécurité. En effet, tous les membres du personnel du Comité sont titulaires d'une habilitation de sécurité de niveau «très secret».
En outre, le Comité peut entendre toute personne dont il estime l’audition nécessaire. Il peut ainsi faire citer les membres des services contrôlés par huissier de justice et ceux-ci sont alors tenus de témoigner sous serment. Le Comité peut également faire effectuer toutes les constatations nécessaires et faire saisir tout objet ou document utile. Enfin, le Comité peut requérir la collaboration d'experts et d'interprètes ainsi que l'assistance de la police.
Il convient toutefois de noter que les compétences du Comité permanent R varient en fonction de la tâche remplie.